Program Studi Magister Ilmu Lingkungan (PS-MIL) berdiri pada tahun 2002  dan  pada saat itu berada di bawah Program Pascasarjana Ilmu Kehutanan dengan nama Ilmu Konservasi Sumberdaya Alam dan Lingkungan. Sejak saat itu, sistem pemilihan dan penetapan pimpinan program studi  telah dilakukan secara kredibel,  transparan, akuntabel, bertanggung jawab dan berkeadilan. Sesuai ketentuan dan peraturan yang berlaku maka pada tanggal 6 Mei 2002,  Dr. H. A. IchrarAsbar, MS ditetapkan sebagai Ketua Konsentrasi Studi; Dr. Ir. Candradewana Boer, M.Sc sebagai Wakil Ketua Konsentrasi Studi; dan  Dr. Bohari Yusuf, M.Sc sebagai  Sekretaris Konsentrasi Studi berdasarkan SK RektorUnmul No. 118 / PP / 2002  tanggal 6 Mei 2002  tentang Pengelola Program  Pascasarjana Magister Konsentrasi Studi Ilmu Konservasi Sumberdaya Alam  dan Lingkungan Unmul Tahun 2002. 

Padatanggal 21 September 2004 terbit  ijin penyelenggaraan dengan nomor SK 3806/D/T/2004 dan nama konsentrasi Studi Ilmu Konservasi Sumberdaya Alam dan Lingkungan berubah Menjadi Magister IlmuLingkungan hingga sekarang. Padatahun 2006 dilakukan perpanjangan ijin dengannomor3224 / D/T/2006tanggal 30 Agustus 2006,  dan tahun 2009 dengannomor 2846 /D/T/K-N/2009tanggal 15 Juli 2009.

Sejak 2007 dilakukan penyempurnaan Struktur Organisasi Program Studi Magister Ilmu Lingkungan (PS-MIL) Unmul yang berlaku hingga sekarang dengan unsur pimpinan terdiri atas Ketua dan Sekretaris Program. Pada tahun 2007 dilakukan pergantian pimpinan yang diselenggarakan  secara kredibel,  akuntabel dan berkeadilan sesuai statuta Unmul berdasarkan keputusan Mendiknas Nomor 091/0/2004. Pergantian pejabat di lingkungan PS-MIL dilaksanakan sekali dalam empat tahun sesuai ketentuan yang berlaku di Universitas Mulawarman. Pada tahun 2010 diusulkanakreditasi program studikepada BAN-PT yang akhirnyapadatahun 2011 akreditasioleh BAN-PT terbitdengannomor 001/ BAN-PT/Ak-IX/S2/VI/2011, tanggal 3 Juni 2011, yang kemudian diperpanjang ijin penyelenggaraan padatahun 2012 dengannomor 11497/D/T/K-N/2012, tanggal 12 April 2012. Pada Tahun 2016 di usulkan akreditasi Program Studi kepada BAN-PT dan terakreditasi dengan peringkat B sesuai dengan keputusan BAN-PT No. 1515/SK/BAN-PT/Akred/M/VIII/2016 pada tanggal 4 Agustus 2016.

Sejarah